FAT32 یک فایل سیستم قدیمی است که در حد وسیعی منتسب به USB ها و دیگر درایوهای خارجیست. ویندوز برای درایوهای سیستم خود از NTFS استفاده می کند و exFAT نیز یک فایل سیستم مدرن تر است که جایگزین FAT32 شده است و بسیاری از دستگاه ها از exFAT بجای NTFS پشتیبانی می کنند که البته به گستردگی پشتیبانی از FAT32 هم نیست.
FAT32
این نوع فایل سیستم، قدیمی ترین نوع فایل سیستم است که اولین بار در ویندوز 95 معرفی و جایگزین فایل سیستم FAT16 شد. قدمت این فایل سیستم معایب و مزایایی دارد. از آنجاییکه بسیار قدیمی است، مورد قبول اکثر سیستم هاست. فلش درایوهایی که شما خریداری می کنید، اغلب با FAT32 فرمت خواهند شد که نه فقط با کامپیوترهای مدرن تر که حتی با دیگر دستگاه های مانند کنسول های بازی و هرچیز دیگری که پورت USB داشته باشد، حداکثر سازگاری را خواهند داشت.
در این نوع از فایل سیستم ها، محدودیت هایی وجود دارد. هر فایل در درایو FAT32 نمی تواند سایزی بیشتر از 4 گیگابایت داشته باشد. یک پارتیشن FAT32 نیز باید کمتر از 8 ترابایت باشد که محدودیت زیادی نیست ولی اگر برای کسانی که درایوهایی با حجم های بسیار بالا دارند، قابل توجه است.
این فایل سیستم مناسب فلش USBها و دیگر دستگاه های خارجی است و بهتر است که از آن برای درایوهای داخلی استفاده نکنید. FAT32 فاقد ویژگی های امنیتی و مجوزهایی است که در فایل سیستم های مدرن تر مانند NTFS ساخته شده اند. نسخه های جدیدتر ویندوز بهتر است با FAT32 نصب نشوند و بر روی درایوهایی که با NTFS فرمت شده اند، نصب شوند.
NTFS
NTFS یک فایل سیستم مدرن در ویندوز است. زمانی که ویندوز را نصب می کنید، درایو سیستم شما با فایل سیستم NTFS فرمت می شود. محدودیت سایز پارتیشن و فایل ها در NTFS به قدری زیاد است که قابل تصور هم نخواهد بود. این فایل سیستم اولین بار در ویندوز XP ملاحظه شد.
در کنار محدودیت های موجود، NTFS ویژگی های مدرن دیگری دارد. این فایل سیستم از مجوزهایی استفاده می کند تا امنیت را بالا ببرد، ویژگی هایی دارد که در صورت بهم ریختن کامپیوتر شما می تواند فایل هایتان را بازگرداند. استفاده از کپی هایی برای بک آپ گیری، رمزگذاری بر روی فایل و مشخصات دیگر این فایل سیستم را بسیار توانمند کرده است. بسیاری از این قابلیت ها برای درایو سیستم عامل شما لازم است بخصوص ویژگی مانند مجوزهای دسترسی به فایل.
پارتیشین سیستمی ویندوز باید NTFS باشد و اگر شما بخواهید برنامه های خود را بر روی درایو دیگری نصب کنید، باید آن درایو را هم به صورت NTFS فرمت کرده باشید. فایل سیستم NTFS، با دیگر سیستم عامل ها سازگار نیست و تنها با نسخه های مختلف ویندوز کار می کند و محدودیت های بسیاری در کار کردن با دیگر سیستم عامل ها دارد. به صورت پیشفرض، سیستم عامل مک نیز تنها می تواند درایوهای NTFS را بخواند ولی نمی تواند بر روی آنها بنویسد. بعضی از توزیع های لینوکس نیز ممکن است از نوشتن بر روی درایوهای NTFS پشتیبانی کند ولی برخی نیز تنها می تواند آنها را بخواند. هیچکدام از کنسول های پلی استیشن سونی از NTFS پشتیبانی نمی کنند و حتی Xbox 360 بجز مدل جدید آن، هم نمی تواند درایوهای فرمت شده با NTFS را بخواند.
exFAT
فایل سیستم exFAT در سال 2006 معرفی شد و به نسخه های قدیمی تر ویندوز با به روز رسانی ویندوز XP و ویندوز ویستا، افزوده شد. این یک فایل سیستم است که برای فلش درایوها بهینه سازی شده است. این فایل سیستم، یک سیستم سبک مانند FAT32 است که ویژگی های NTFS را ندارد و نیز فاقد محدودیت های FAT32 هم می باشد.
این فایل سیستم مانند NTFS، می تواند فایل ها و پارتیشن های بسیار بزرگ داشته باشد. exFAT نسبت به FAT32 ارتقا یافته و گزینه بهتری برای درایوهای خارجی است. این فایل سیستم، سازگاری بیشتری با سیستم عامل های دیگر دارد. مثلا سیستم عامل مک که تنها می تواند از درایوهای فرمت شده NTFS بخواند، قابلیت خواندن و نوشتن بر روی درایوهای exFAT دارد. به درایوهای exFAT نیز را می تواند با نصب نرم افزارهای مناسب از طریق لینوکس دسترسی پیدا کرد. دستگاه های  ایکس باکس 360 نیز با این فایل سیستم سازگار نیستند ولی ایکس باکس وان از آن پشتیبانی می کند.