اما دو قسمت متداول تر،source installationو  package installation هستند که هردو از سیستم  FreeBSD Ports استفاده می کنند. تفاوت های بسیار ظریفی میان انواع یونیکس های مهمی مثلBSD،  Linux، Solaris، OS X و غیره وجود دارد. اگر فرد به طور روزمره و به اندازه کافی از مدیریت یونیکس (Unix admin) استفاده کند، قادر است به راحتی و کارآمد با هرکدام از آنها کار کند. برای این سیستم عامل ها، این تفاوت های ناچیز خیلی اهمیت ندارند، اما باوجود شباهت های زیادشان، انتخاب سیستم عامل سرور یونیکس می تواند مزایای فراوانی داشته باشد. شاید شما از لینوکس، سولاریس یا دیگر انواع یونیکس حمایت کنید، اما استفاده از FreeBSD بسیار توصیه شده است. در اینجا تعدادی از دلایل برتری FreeBSD به لینوکس را بیان می کنیم:

شفافیت
مشکل جدی لینوکس این است که علاوه برچندین توزیع مهم و دو بسته فرمت رقیب، تعداد بیش از حدی گزینۀ ناسازگار دارد. گاهی فایل های پیکربندی نرم افزار که در یک توزیع استفاده می شوند با آنچه در دیگر نرم افزارها قابل دسترسی است، به کلی تفاوت دارد. از نظر فنی، لینوکس هستۀ سیستم عامل است و شما از هر توزیع لینوکسی که استفاده می کنید، شامل هستۀ لینوکس به همراه دیگر نرم افزارهاست.
ازسوی دیگر، FreeBSD سیستم عاملی کامل است. اجزایش شامل هسته، کتابخانه سیستم، برنامه های کاربر، سیستم های خودراه انداز و غیره است. اساساً FreeBSD نرم افزاری یکپارچه است. اگر به دنبال برنامه یا پشتیبانی فنی برای FreeBSD آزاد و خاصی می گردید، می توانید بدون هیچ زحمتی آن را بیابید.

سیستم پورت ها
سیستم پورت هایFreeBSD آن را از بقیه سیستم عامل ها بهتر می کند. هزاران اپلیکیشن، ابزارهای توسعه و بسته های نرم افزاری در سیستم پورت ها در دسترس هستند وهریک از آنها را می توان به راحتی و با یک دستور ساده روی سیستم FreeBSD نصب کرد. با یک دستور، برنامه از محل مطمئنی دانلود می شود و نیازی به جستجو یا تحقیق بیشتری برای این کار یا رسیدگی به ناسازگاری ها نیست.

مستندسازی
FreeBSD کتاب راهنمای وب به‌روزی دارد که مستندات این سیستم عامل در آنجا موجود است. این کتاب راهنما تمام نکات مرتبط با سیستم FreeBSD را به طور مختصر اما دقیق دربرمی گیرد. یک مدیر باتجربه و راهنمای آموزشی کارآموز یونیکس هردو به یک میزان از این مستندات بهره می برند. این مستندات نگارشی عالی دارند و موضوعات اساسی یونیکس مثل مجوزها را دربرمی گیرد. همچنین شامل موضوعات پیشرفته تری مثل پیکربندی و تنظیم هسته، امنیت و کدگزاری پارتیشن های دیسک هم می شوند.

عملکرد، اطمینان و امنیت
همیشه در FreeBSD، شبکه، حافظۀ مجازی و زیرسیستم های SCSIعملکردی عالی دارند. ویژگی های دیگری نیز در این سیستم عامل وجود دارد. معماری SMPچند رشته ایکه قادر به اجرای کرنل به صورت موازی در چندین پردازنده است، بستۀ شبکۀ چند رشته ای و زیر سیستم حافظه مجازی چند رشته ای از این ویژگی هاهستند. برخی از بروزرسانیها، فرصت بهبود عملکرد فایل سیستم را بدون سازگاری با امنیت و اطمینان فراهم می آورند.  FreeBSD از امنیت IP حمایت می کند (IPsec) و در راستای پروتکل نسل بعدی اینترنت (IPv6) امنیت شبکه ها را افزایش می دهد.
GEOM-Based Disk Encryption (GBDE) با استفاده از چارچوب جئوم به شدت از رمزنگاری محافظت می کند و Vinum مدیریت هارددیسک مجازی را انجام می دهد  و از RAID 0 و RAID 5 حمایت می کند. FreeBSD از لیست کنترل دسترسی (ACLs) و ماژول های کنترل دسترسی اجباری (MAC) نیزحمایت می کند و تصویرهای لحظه ای فایل سیستم به مدیران اجازه می دهد تا با کمک فضای خالی در فایل سیستم، برای پشتیبانی، عکس های لحظه ای هسته ای فایل سیستم بگیرد. شبکه توری متصل به بستۀ شبکه به توسعه دهندگان فرصت می دهد تا با لایه بندی مفاهیم شبکه، آن را گسترش دهند. این گره ها می توانند طیف گسترده ای از خدمات شبکه ای جدیدی را هم اعمال کنند که شامل کپسوله سازی، تونل زنی، رمزگزاری و تطبیق عملکرد است.
همچنین FreeBSD فیلترها را می پذیرد و به برنامه های اتصالی مثل سرورهای وب اجازۀ عملکرد می دهد. میزان حافظه ای که برای برنامه ها و حافظۀ پنهان دیسک استفاده می شود می تواند به طور مداوم با حافظۀ مجازی ترکیبی و حافظۀ میانجی پنهان در فایل سیستم تنظیم شود. بنابراین، روی برنامه ها مدیریت حافظۀ عالی و کارایی بالای دسترسی به دیسک اعمال می شود. همچنین FreeBSD رشتۀ هسته ای دارند که به برنامه ها فرصت عملکرد موثرتر می دهند که موجب بهبود برنامه و عملکرد سیستم می شود.

سازگاری
FreeBSD چند ماژول سازگار دارد که سیستم عامل را قادر به اجرای برنامه های دودویی برای سیستم عامل های دیگری مثل لینوکس، SCO Unix، سیستم یونیکس Vشماره 4 و... می سازد. شاید نیازبه زمان اجرای مجموعه برنامه ها باشد که می تواند از مجموعه پورت ها اضافه شود. بین سرعت اجرای برنامه لینوکس که روی ماشین لینوکس اجرا می شود و برنامه ای که روی FreeBSD اجرا می شود، تفاوتی وجود ندارد. اما وقتی صحبت از سازگاری با نسخه های قبلی می رسد، FreeBSD برتر است چون به روز رسانی ها در آن آسانتر از لینوکس است. به روز رسانی نسخۀ مجموع برنامه ها با ماژول های سازگاری پشتیبانی می شوند.

آزادی عمل
با مجوز BSD با آزادی می توانیدکد را با توجه به اهداف تجاری تان تغییر دهید. هیچ محدودیتی مثل GPL در چگونگی نیازتان برای توزیع نرم افزار نهایی وجود ندارد.